目前，省以下生态环境机构垂直管理制度改革，已全面进入实质性操作阶段。江苏所属市县局已全部完成挂牌，设区市局“三定方案”已全部印发、班子配备到位，部分县（市、区）级分局（以下简称县局）作为市局的派出机构已完成人员关系划转、档案交接，完全按照新的管理模式运行。

垂改前，县（市、区）纪委监委对县级生态环境局党风廉政建设负有监督管理职能，在县级生态环境局有派驻的纪检监察组长。垂改后，县（市、区）纪委监委对县生态环境局已没有监管职责，原派驻人员大都已撤离，虽然有部分县局原派驻人员留了下来，但人员性质、职责已发生变化，其不再是县纪委监委人员，县纪委监委也不再给他们下达指示、任务。这种专职监督机构（纪委监委）对县级生态环境局的监管处于近乎真空状态的状况，绝不能持久。垂改后，市县局党建工作实行设区市和省厅双重领导，为开展好市县生态环境部门巡察工作，江苏省委巡视办和省生态环境厅党组最近进行专门研究。根据中央有关文件精神，在征求设区市委意见的基础上，请示中央巡视办，形成《关于市县生态环境部门巡察工作问答》印发实施，对巡察主体、巡察方式、巡察整改等相关问题作了明确规范。

在巡察主体方面，设区市委承担对市局党组巡察工作主体责任，省生态环境厅党组配合。设区市委应与省生态环境厅党组建立巡前、巡中、巡后沟通协作机制。设区市委巡察前向省生态环境厅党组通报情况，听取意见建议，巡察时可商请省生态环境厅党组派员参加。对县局巡察职能由设区市委承担。在巡察方式方面，设区市委根据需要，可直接对县局巡察，巡察情况统一向市局党组反馈；也可采取市局带县局的方式开展巡察，巡察反馈以市局为单位出具一份巡察综合报告，附所属各县（市、区）局问题清单。巡察反馈意见同步抄送省生态环境厅党组。在巡察整改方面，市局及县局党组织承担整改主体责任。市局党组及时向设区市委和省生态环境厅党组报告整改进展情况。设区市委和省生态环境厅党组督促设区市生态环境局党组抓好整改。市局党组督促驻县局分党组抓好整改。设区市委派驻市局的纪检监察组做好市县生态环境局整改日常监督工作。对党员干部违纪违法案件处理，按照干部任免权限和组织程序办理。在单一管理主体情况下，这句话很好理解和执行，但在市县生态环境局人事任免与组织关系由设区市委和省厅党组双重管理的情况下，市县生态环境局干部违纪违法问题的处理主体与程序就需要予以具体明确。

垂管后，市局党组书记、副书记、成员和相当处级职务的领导干部由省生态环境厅党组征求设区市委意见后任免，其中局长作为行政职务，其任免还须经同级人大程序；县局领导班子职务由市局党组任免，其中局主要领导须报省厅党组备案。按照任免主体、权限一致的原则，设区市委巡察办在对市县生态环境局巡察中发现的问题（问责）线索，应移交设区市纪检监察机关分类处置。其中，市局领导班子成员和同级非领导职务及其他相当职务党员干部的问题（问责）线索，移交省纪委监委驻省生态环境厅纪检监察组处置，需作出党纪政纪处理的，由省厅党组作出；科以下干部的问题（问责）线索，移交市局纪检监察组，需作出党纪政纪处理的，由市局党组作出。若发现触犯刑律，需追究刑事责任的，由属地检察机关提起诉讼。